python sitk.show()与imageJ结合使用常见的问题
在python中配置simpleITK时，遇到了以下这个问题。
simpleITK已经通过pipinstall安装，但是sitk.show()功能无法正常使用，类似如下
实例代码
importSimpleITKassitk
importsys
importos
example=sitk.ReadImage("filename")
sitk.show(example)
在sitk.show()这一步会出现以下错误
“Traceback(mostrecentcalllast):
File"",line1,in
sitk.Show(image)
File"C:\Python27\lib\site-packages\SimpleITK.py",line4158,inShow
return_SimpleITK.Show(*args,**kwargs)
RuntimeError:ExceptionthrowninSimpleITKShow:............\Build\ITK\SimpleITK-0.7.1\Code\IO\src\sitkShow.cxx:463:
sitk::ERROR:Errorinadministratingchildprocess:[参数错误。]”
原因是SimpleITK的图像显示功能是通过类似ITK-snap，ImageJ进行实现的，所以在进行sitk.show()之前，需要对此进行设置才能正常实现。
这里参考stackoverflow别人给的意见https://stackoverflow.com/questions/43215774/can-not-linksimpleitkshow-with-fiji
ImageJInstallation
Goto https://imagej.nih.gov/ij/download.html
Makesuretodownloadthe bundledwith64-bitJava1.8.0_112 version
ImageJSetup
Goto https://imagej.nih.gov/ij/plugins/nifti.html
Download nifti_io.jar
Goto C:\blah\blah\ImageJ\plugins\Input-Output
Deletetheexisting nifti_io.jar filefromthefolder
Copythedownloaded nifti_io.jar fileintothefolder
RestartImageJandcheckif File->Import->NIfTI-Analyze isthere
Ifitisthere,thepluginwassuccessfullyinstalled
SimpleITKSetup
Findthepathwhereyour ImageJ.exe fileexists
Open cmd
Typein setxSITK_SHOW_COMMAND"C:\blah\blah\ImageJ\ImageJ.exe"
Youshouldgetthemessage SUCCESS:Specifiedvaluewassaved
Checkifeverythingworks
RestartyourtexteditororIDE(ifitwasalreadyopen)
Runyourcode
除了下载ImageJ操作，另外的很简单。
- 在环境变量里面添加SITK_SHOW_COMMAND，以imageJ为例，路径指向ImageJ-win64.exe
- 在环境变量中的path中添加%SITK_SHOW_COMMAND%
到此这篇关于pythonsitk.show()与imageJ结合使用常见的问题的文章就介绍到这了,更多相关sitk.show()结合imageJ内容请搜索毛票票以前的文章或继续浏览下面的相关文章希望大家以后多多支持毛票票！